感谢邀请。首先的你问题有矛盾，首先明确如果你在高校专项计划中被录取了，你的就不需要再填报自主招生的志愿了。高校专项计划和自主招生都属于特殊招生类型，都需要满足一定的条件。在当前，高考绝大数省份都是考后知分、知位填报志愿，填报志愿在前，录取在后，是两个不同的概念。根据你的描述，我猜测是你如果被专项计划资格审查通过了，在志愿填报时如何填报的问题。按照当前大多数省份的志愿填报安排，都会把高校专项、自主招生等安排到提前批次一次性填报，以陕西省为例：提前批次、单设本科、本科一批、本科二批以及职业教育（三校生）单独招生的本、专科志愿都是在6月25日起到6月28日填报。
也就是说你的问题分三种情况：
1、高校专项计划资格审查通过，在填报志愿时要在高校专项计划志愿内把你资格审查通过院校填到第一志愿，如果你们通过多所且你所在省份高校专项又是按照平行志愿录取的，你可以酌情采取冲、稳、保、垫的填报原则；
2、高校专项计划资格审查通过，自主招生初审也通过，在填报志愿是可以把第一志愿分别填报到高校专项计划（按照第一条执行）、自主招生两类，且这样填报不影响录取。
3、高校专项计划资格审查通过，自主招生初审没有通过，你只需要在提前批次填报高校专项的计划，自主招生的志愿可以不填。
下面谢云峰老师给你重点普及一下这两方面的知识：
一、什么是高校专项计划：高校专项计划主要招收边远、贫困、民族等地区县（含县级市）以下高中勤奋好学、成绩优良的农村学生。招生学校为教育部直属高校和其他自主招生试点高校，2017年安排招生计划不少于有关高校年度本科招生规模的2%。具体实施区域由有关省（区、市）确定。报考学生须同时具备下列三项条件：(1)符合2017年统一高考报名条件；(2)本人及父亲或母亲或法定监护人户籍地在实施区域的农村，本人具有当地连续3年以上户籍；(3)本人具有户籍所在县高中连续3年学籍并实际就读。
二、什么是自主招生：高校自主招生是我国高校考试招生制度的有机组成部分，是对现行统一高考招生录取的一种补充。进一步完善和规范高校自主招生试点工作，要明晰试点定位，主要选拔具有学科特长和创新潜质的优秀学生。突出问题导向，着力解决自主招生中存在的“掐尖”、“小高考”、影响中学教学秩序等问题。促进科学选才，尊重教育规律和人才成长规律，通过科学有效途径选拔特殊人才。维护公平公正，确保机会公平、程序公开、结果公正。要进一步完善招生程序，合理确定考核内容和形式，规范并公开自主招生办法、考核程序和录取结果，严格控制自主招生规模，2015年起自主招生考核安排在全国统一高考后进行。
