主线剧情：
001 云霄飞车杀人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑衣组织10亿元抢劫事件
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇）
170 黑暗中的死角（前篇）
171 黑暗中的死角（后篇）
176 与黑衣组织的再会（灰原篇）
177 与黑衣组织的再会（柯南篇）
178 与黑衣组织的再会（解决篇）
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
226 格斗游戏的陷阱（前篇）
227 格斗游戏的陷阱（后篇）
230 谜一样的乘客（前篇）
231 谜一样的乘客（后篇）
242 元太的灾难
253 本厅的刑警恋爱物语4（前篇）
254 本厅的刑警恋爱物语4（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
269 犯罪的纪念品（前篇）
270 犯罪的纪念品（后篇）
271 急忙掩饰的忽略（前篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）
274 幽灵屋的真相（前篇）
275 幽灵屋的真相（后篇）
277 英语教师vs西部名侦探(前篇)
278 英语教师vs西部名侦探(后篇)
279 迷宫的阴暗（前篇）
280 迷宫的阴暗（后篇）
284 中华街 雨中的似曾相识(前篇）
285 中华街 雨中的似曾相识(后篇）
286 工藤新一NY事件（事件篇）
287 工藤新一NY事件（推理篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）
289 迷茫森林中的光彦（前篇）
290 迷途森林中的光彦（后篇）
305 看不见的嫌疑犯（前篇）
306 看不见的嫌疑犯（后篇）
307 无声的证词（前篇）
308 无声的证词（后篇）
309 与黑衣组织的接触（交涉篇）
310 与黑衣组织的接触（追踪篇）
311 与黑衣组织的接触（决死篇）
312 夕阳染红的女儿节人偶（前篇）
313 夕阳染红的女儿节人偶（后篇）
329 金钱买不到的友情（前篇）
330 金钱买不到的友情（后篇）
333 相似的公主（前篇）
334 相似的公主（后篇）
335 东都冲印所的秘密（前篇）
336 东都冲印所的秘密（后篇）
338 4辆保时捷（前篇）
339 4辆保时捷（后篇）
340 洗手间里隐藏的秘密（前篇）
341 洗手间里隐藏的秘密（后篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）
345 与黑衣组织正面对决 满月之夜的二元推理★
346 寻找屁股上的印记！（前篇）
347 寻找屁股上的印记！（后篇）
350 被遗忘的手机（前篇）
351 被遗忘的手机（后篇）
361 帝丹高中学校怪谈(前篇)
362 帝丹高中学校怪谈(后篇)
371 沉默的航线（前编）
372 沉默的航线（后编）
374 星星与香烟的暗号（前篇）
375 星星与香烟的暗号（后篇）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(上)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(中)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(下)
394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）
395 奇异屋宇的大冒险（机关篇）
396 奇异屋宇的大冒险（解决篇）
425 黑暗冲击！ 被组织的魔爪触碰的瞬间★
427 超秘密的上学路（前篇）
428 超秘密的上学路（后篇）
429 无法回到从前的两个人(前篇）
430 无法回到从前的两个人(后篇）
446 被封印的欧式窗（前篇）
447 被封印的欧式窗（后篇）
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
479 和服部平次在一起的3天★
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
