标记基因是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。在基因工程意义上来说，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否；在基因定位意义上来说，它是对目的基因进行标志的工具，通常用来检测目的基因在细胞中的定位。
2，标记基因如何筛选？
标记基因可以是特有的抗性基因，成功导入并表达该标记基因的生物就具有相应的抗性，据此判断基因表达载体是否成功导入细胞内.此外，标记基因也可以是用放射性同位素标记的基因，通过检测放射性来判断基因表达载体是否成功导入受体细胞.
在基因表达载体中，由于构建载体的目的不同，需要的标记基因也不同。有的标记基因是质粒固有的，有的标记基因是另外加上的.一般情况下，质粒载体在基因组中有1~2个筛选标记，为寄主提供易于检测的表型特征.
在高中生物选修3的教科书中，基因工程专题中常用的标记基因均为存在于质粒上的抗性基因，如抗四环素基因，将目的基因接到含该标记基因的质粒上，再将重组质粒导入受体细胞。理论上，受体细胞(如大肠杆菌)就对四环素表现抗性，当人们用选择培养基(比如含有四环素的培养基)来培养受体细胞时，能够在培养基中存活下来的受体细胞就可以认为是成功地导入了重组质粒，这样，成功导入重组质粒的细胞就被选择出来。
在此，需要注意的是，标记基因只是筛选成功导入基因表达载体的受体细胞的一种工具，只是间接地证明包含目的基因的基因表达载体导入成功，不能为目的基因是否成功融合到受体细胞提供直接证据。因此，在上述选择性培养基中，能够存活下来的细胞，只能证明细胞体内存在拥有标记基因的质粒，不能直接表明质粒上-定存在目的基因，即这种细胞不一定能表达出人们想要的细胞产物.接下来要进行目的基因的检测与鉴定，对存活的受体细胞从分子水平到个体水平进行逐级检测，从而得到目的基因成功导入并表达的直接证据。
