主要区别是，起源不同、艺术特点不同、唱腔特点不同，具体如下：
一、起源不同
1、吉剧
吉剧是建国后在二人转的基础上发展而成的新剧种，因其诞生于吉林省的省会长春而得名。唱腔是以板腔体为主，兼用曲牌的综合体制。
2、二人转
二人转是在东北大秧歌的基础上，吸取了河北的莲花落，并增加了舞蹈、身段、走场等演变而成。
二、艺术特点不同
1、吉剧
吉剧在行当上，有生、旦、净、末、丑之分。在音乐唱腔上，吉剧以二人转的主要曲牌〔文咳咳〕〔武咳咳〕〔红柳子〕〔三节板〕〔哭糜子〕〔穷生调〕等为原始基调。吉剧的伴奏乐器以二人转的板胡、唢呐为主，并在东北管的基础上，创造了善于抒情的吉剧喉管，还把古筝搬进吉剧的乐队。
2、二人转
二人转在历史曾形成东、西、南、北四个流派。东路以吉林市为重点，舞彩棒，有武打成分。西路以辽宁黑山县为重点，受河北莲花落影响较多，讲究板头。南路以辽宁营口市为重点，受大秧歌影响较大，歌舞并重。北路以黑龙江北大荒为重点，受当地民歌影响。
三、唱腔特点不同
1、吉剧
吉剧的唱腔是以板腔体为主，兼用曲牌的综合体制。它选择了二人转当中群众爱听而又便于戏曲化的曲调作为基调，逐渐发展成“柳调”“嗨调”两种唱腔。其中柳调是以二人转曲牌〔红柳子〕〔秧歌柳子〕为中心构成的一套唱腔。嗨调则以二人转曲牌〔文嗨嗨〕〔武嗨嗨〕为中心，结合〔穷生调〕〔打枣〕〔胡胡腔〕〔嗽叭牌子〕等曲牌组成的一套唱腔。
2、二人转
唱腔受东北大鼓、单弦、河北梆子影响很大。唱词诙谐幽默，富有生活气息。二人转的唱腔，素有“九腔十八调七十二嗨嗨”之称，共三百多个。唢呐、板胡是二人转的主奏乐器。击节乐器，除用竹板（两块大板和五块节子板）外，还用玉子板，也叫手玉子（四块竹板，一手打二块）。
